Hal tersebut dikarenakan pertikaian agama yang terjadi di Ambon di tahun 1999 silam. Dekat dari masjid juga berdiri gereja lainnya yang masih kokoh dalam sebuah benteng peninggalan Belanda. Benteng tersebut merupakan loji yang letaknya dekat dengan bibir pantai.
Pertama kali masjid ini bernama masjid Wawane sebab didirikan di lereng gunung. proses pembangunannya dilakukan seorang kesultanan islam Jailolo yaitu Perdana Jamilu. Berawal dari sini lah ajaran islam mulai berkembang.
Namun, masjid Wapauwe mengalami perpindahan tempat sehingga berada di Tanah Hitu akibat gangguan Belanda. Hal tersebut terjadi di tahun 1580, sebelumnya juga sempat terjadi perang di tahun 1634. Perang membuat ketenangan beragama terusik, bahkan lima kampung umat Muslim pun terganggu.
Hal ini tentu tidak aman untuk masjid, sehingga di tahun 1614 kembali dipindahkan ke Tehala sebuah kampung di Wawane timur. Ajaibnya di tempat yang baru ini tak ada satu daun pun gugur. Padahal tempat berdirinya masjid dikelilingi pepohonan.
Keunikan Masjid Wapauwe
Menjadi masjid tertua di Indonesia membuat Wapauwe memiliki keunikan berbeda dengan masjid lainnya. Pasalnya masjid ini telah berdiri dalam kurun waktu yang lama. Beragam keunikan dari masjid pun menjadi cerita religi yang tidak boleh dilewatkan, di antaranya yaitu: