Setelah survei wilayah serta mendapatkan izin dari DPRD dan Depag, akhirnya pembangunan masjid dimulai. Masjid ini didirikan di lahan seluas 15.540 m2. Proses pembangunannya sendiri baru dimulai pada tahun 1984.
Konsep Bangunan Masjid
Masjid agung Bantul ini memiliki konsep yang sangat sederhana. Bentuk arsitektur bangunannya pada saat itu mengacu pada bangunan Masjid Amal Muslim Pancasila di Semarang.
Desain arsitektur bangunan masjid ini dibuat oleh seorang arsitek bernama Sunardi yang pekerjaannya sebagai Kepala Dinas Pekerjaan Umum di era tersebut. Meskipun merupakan seorang nasrani, namun Sunardi membuat desain masjid ini dengan sangat baik.
Mengusung konsep bangunan joglo, Masjid Agung Manunggal memiliki sentuhan kejawen yang terasa begitu jelas. Selain dari bentuk atau struktur bangunannya, kesan kejawen tersebut juga terlihat dari ukiran yang menghiasi di setiap sudut bangunan.
Ukiran khas Jawa yang menghiasi bangunan masjid ini tampak begitu indah. Bentuk ukirannya serupa dengan seni ukir yang ditemukan di Masjid Agung Demak. Selain itu, keindahan masjid ini juga terletak pada bagian atasnya yang merupakan khas bangunan joglo.
Tak hanya itu, Masjid ini pun mempunyai 4 tiang penyangga yang terbuat dari kayu jati ukir. Tiang-tiang kokoh nan megah ini juga menjadi ikon tersendiri bagi bangunan masjid tersebut. Pintu masuknya pun terlihat sangat megah dengan bentuk gunungan khas Jawa.